Навскидку:
В proftpd есть ftpshut, позволяет назанчить время отключения, сообщение для пользователя и проч, и проч, а также запрещает все входящие подключения, подорбности в мане :)
В pure-ftpd есть pure-ftpwho, будучи вызвана с ключом -s выдаёт результат в легко распарсиваемом виде, и можно прибить сессию вот таким kill'ом:
kill -15 `pure-ftpwho -s | grep USERNAME | awk --field-separator "|" '{print $1}'`
