Я недавно имел дело с этой темой. После долгих тестов нашел проблему именно в расширениях VirtualBox. Когда апач работает через примонтированные виртуальные директории он отдает файлы какими-то битыми, починить, почитать или производить другие действия мне не удалось — все упирается в виртуалбокс.
(я так понимаю для хостинга тебе надо, мол места побольше)
У меня было 2 решения:
1) создание еще одного VHD с большим разделом и уже туда заливать.
2) создать тру сетевую папку, и примонтировать через сетевой мост минуя виртуалбокс. (не тестировал но зуб даю заработало-бы)
Выбрал первый вариант, так как у меня высокая степень безопасности супервизора и я отклоняю любые запросы от виртуалок.
PS: Привед друг ))). Имею абсолютно идентичную систему работы у себя на домашнем сервере за исключением, того что у меня debian и вин. сервер с дримспарка.