Здравствуйте.
Столкнулся с тем же. Как видно из резюме со support.skype.com - вероятно это тот самый случай с подрезанием "API".
У меня событие возникает, но при условии фокусировки на чате с тем человеком, откуда пришло сообщение.
Если фокус на другом чате - событие не возникает.
Решил этот вопрос опросом последних сообщений по всем чатам через IChat , IChatMessageCollection; IChatMessage;
Если появились новые сообщения в IChatMessageCollection читаю IChatMessage.Body.