В общем, вдруг кому пригодится: это можно, но с определенными ограничениями.
1. Сначала создается через Plesk нужный домен.
2. В /var/www/vhosts/system/[domain_name]/conf/vhost_nginx.conf пишется нужный конфиг.
3. Перестраиваются конфиги домена вызовом командной строки:
/usr/local/psa/admin/sbin/httpdmng --reconfigure-domain [domain_name]
И в дальнейшем, если есть файл vhost_nginx.conf, то он будет инклудится в конфиг домена.
Теперь об ограничениях:
1. Файл vhost_nginx.conf инклудится внутрь секции server { ... }, в самом ее конце, что и накладывает свои ограничения. Например, добавить свою секцию location / { ... } не получится, т.к. она там уже есть (Plesk заботливо воткнул), но location = / { ... } - можно.
2. По умолчанию один и тот же файл vhost_nginx.conf инклудится как для https, так и для http, в некоторых случаях это может быть важно.
В принципе, можно полностью контролировать создание и перегенерацию всех конфигов (как для nginx, так и для apache), но для этого надо уже править скрипты, которые этим занимаются (система допускает использование кастомных скриптов для этих целей). Подробнее здесь:
download1.parallels.com/Plesk/PP11/11.5/Doc/en-US/...
Надеюсь, инфа сэкономит кому-то время и нервы.
