1. да вообще то никакая, все права остаются за вами, единственное в термсах github написано что люди могут ваш код форкать и скачивать.
2. jQuery, почитайте докцию. Убедитесь что то что Вы используете документировано. Они это просто так не выкинут. Укажите на странице проекта с какими версиями тестировалось. Создание дистрибьютива программы, которая установит весь код и библиотеки — это уже «не в компетенции» Github. Либо выкладывайте сами дистибьютив руками, либо пишите readme что как установить.
3. Версии с файлами в архивах можно делать git тэгами, пример
github.com/vsespb/mt-aws-glacier/tags
(команды git tag -a mytag и git push --tags)