Victor

Есть версия специально для stylus: autoprefixer-stylus.

Об этом, кстати, написано в документации к автопрефиксеру:

В итоге получается как-то так:

const autoprefixer = require('autoprefixer-stylus');
const stylus = require('gulp-stylus');

gulp.task('stylus', () => {
  gulp.src('./src/styl/style.styl')
  .pipe(stylus({
    pretty:true,
    use:[autoprefixer('last 2 versions')]
  }))
  .pipe(gulp.dest('./dist/css'))
  .pipe(connect.reload())
});