вовчек

Повесить на select слушателя, и при нажатии вызывать confirm, и проверку, если нажал да, то код выполняется дальше, если нет, то код просто не будет выполнятся.

Не очень понятен заданный вопрос, но если вы имеете в виду то, что при перезагрузке страницы у вас снова клики сбрасываются на ноль, потому что файл js читается заново, а у вас let count = 0? Нужно сделать проверку, если в storage уже есть определенное число кликов, то приравнивать число взятое из storage к count:

let count = 0;
localStorage.getItem('count') ? count = parseInt(localStorage.getItem('count')) : 0; 
// parseInt потому, что в значении storage всегда хранится строка.

Переменной popupForm нету.
В самом верху у тебя лишь popupElement.

const popupForm = document.querySelector(".popupForm");

popupForm.addEventListener("submit",  editProfileInfo);