vovkab

Что значит комиты в виде бранчей? Вы бы лучше написали что хотите сделать, что хотите получить.

Что бы вытащить отдельный комит можно сделать патч — git format-patch или diff — git diff, и потом можно его накатить куда нужно.

Если же нужно синхронизировать репу в одном направлении, то вам нужно будет иметь как минимум 2 ветки:
1. оригинальный код, который будет периодически git fetch, скажем, с RosYama.2
2. ваши изменения + мерж ветки 1

Все что от вас будет требоваться — это периодически вытаскивать обновления и мержить их в ветку 2.

Вы на стэш смотрите немного не правильно, он не предназначен для подготовки комитов.
Он предназначит для того что бы спрятать не нужные на данный момент изменения, потому он и называется stash, в переводе — прятать, припрятывать.

Как то не правильно у вас написано.

С флагом --keep-index — в стэш уйдут все изменения кроме тех что уже добавлены в индекс(подготовлены для комита). Если нужно так же добавить в стэш untracked файлы, то надо указать --include-untracked.

Если делать руками, то можно создать отдельную ветку и туда сохранять что нужно, а потом просто делать git cherry-pick нужного комита, но это немного не удобно и требует больше телодвижений.