Не смотрел код именно на этом сайте, но я бы реализовал следующим образом:
При наведении мыши на нужный мне класс отключал бы скролл для body, потом выполнял бы нужные мне действия по скроллу и когда они бы завершились, то задал бы какой-нибудь временной переменной значение "true", чтобы оно сверялось в событии прокрутки колесика. FALSE ? Значит скрол в body отключен. TRUE ? Скролл в body включен. Как-то так.