У скайпа было своё API, но его планировали прикрыть и/или сделать платным.
Раньше (лет 5 тому назад) для доступа использовался DBUS, так как скайп сначала был написан на дельфях и переписан на Qt.
В принципе ничего не мешает запустить иксы под виртуальным фреймбуфером xvfb и радоваться жизни.
На худой конец у скайпа есть вэб-интерефейс по которому можно щёлкать Selenium'ом.
