Все, разобрался. Дело в том, что если удалить просто папку .git, то PhpStorm в непонятке начинает паниковать мол тут проект помечен как GITовый, а самого репозитория локального нет. В общем надо зайти в настройки —> Version Control и в главном окне оного снести текущий проект. Я так понимаю оттуда шторм сам на контроль ставит проект по СКВ.
