хоть и более года назад вопрос , но отвечу, вдруг кому понадобиться :)
самое простое - это синхронизация выбранных папок с помощью bittorent sync. И просто и само работает. Поставил и забыл.
Рейд само по себе понятие работает только с цельными дисками.
Тебе проще настроить синхронизацию нужной тебе папки на оба жёстких диска и всё. Получишь нужный результат. и папки одинаковые будут, и остальное пространство будет свободно