Сам искал ответ на этот вопрос, может кому то поможет. Подробный ответ нашел здесь:
https://git-scm.com/book/ru/v2/%D0%9E%D1%81%D0%BD%...
Файл CONTRIBUTING.md находится в секции «Changes not staged for commit» — это означает, что отслеживаемый файл был изменён в рабочем каталоге, но пока не проиндексирован. Чтобы проиндексировать его, необходимо выполнить команду git add. Это многофункциональная команда, она используется для добавления под версионный контроль новых файлов, для индексации изменений, а также для других целей, например для указания файлов с исправленным конфликтом слияния. Вам может быть понятнее, если вы будете думать об этом как «добавить этот контент в следующий коммит», а не как «добавить этот файл в проект».
Теперь, когда ваш индекс находится в таком состоянии, как вам и хотелось, вы можете зафиксировать свои изменения. Запомните, всё, что до сих пор не проиндексировано — любые файлы, созданные или изменённые вами, и для которых вы не выполнили git add после редактирования — не войдут в этот коммит. Они останутся изменёнными файлами на вашем диске.