запросы в БД почти все выпадают в лог медленных запросов со значением 5-10-80 секунд вместо обычных 0.1-0.5-1.
Начать оптимизировать запросы - 0.5-1 в 90% это много == излишняя нагрузка на CPU/disk.
Я бы также разнес веб и MySQL по разным машинам, будет легче анализировать и оптимизировать.
Плюс - создать реплику и запросы на чтение посылать туда.