Ильдар

Поля:
id - ID комментария
user_id - ID пользователя
comment - Текст комментария
type - Тип комментария
foreign_id - Внешний ключ

type Сделать как константы в Entity

class Comment{
	
	const TYPE_BOOK = 1;
	const TYPE_AUTHOR = 2;
	const TYPE_PUBLISHER = 3;

	/**
	 * @var bigint
	 *
	 * @ORM\Column(name="id", type="bigint")
	 * @ORM\Id
	 * @ORM\GeneratedValue(strategy="AUTO")
	 */
	public $id;
	
	
	/**
	 * @var bigint
	 *
	 * @ORM\Column(name="user_id", type="bigint")
	 */
	public $user_id;
	
	
	/**
	 * @var string
	 *
	 * @ORM\Column(name="comment", type="text")
	 */
	public $comment;
	
	
	/**
	 * @var smallint
	 *
	 * @ORM\Column(name="type", type="smallint")
	 */
	public $type;
	
	
	/**
	 * @var bigint
	 *
	 * @ORM\Column(name="foreign_id", type="bigint")
	 */
	public $foreign_id;
}

$comment = new Comment();
$comment->user_id = 37;
$comment->comment = 'комментарий';
$comment->type = Comment::TYPE_BOOK;
$comment->foreign_id = $book->id;

В данном случае у вас не будут связей, но они не особо то и нужны, и можно обойтись без них.
Комментарии же все равно выводятся для книги, автора, издательства.
Т.е. всегда указан type и foreign_id в запросе select.
Если нужно вывести вообще все комментарии, то делаете left join и фильтр: вывести комментарии отдельно по Книгам, авторам и издательствам

1. В первом варианте есть ошибки:
- Если вы получите запись из таблицы additional_entity_N непонятно будет к какому main_entity эта запись относиться, чтобы узнать надо делать дополнительный запрос к main_entity.
- В таблицах additional_entity_N могут существовать записи, которые не относятся ни к одной записи из main_entity.
- Легко запутаться при отладке БД, потому что id во всех 4х таблицах разные.
- Чтобы добавить новый additional_entity_N вам нужно будет создать запись additional_entity_N, а затем изменить значения в main_entity.
- И что вы будете делать, если вы создали запись в таблице additional_entity_1, а в main_entity уже указан id additional_entity_1_id?

2. Во втором варианте у вас ошибки:
- У вас связь 1-ко-многим, а не один к одному.
- У таблиц additional_entity_N автоинкремент не нужен, поле id нужно убрать.
- Primary key в таблицах additional_entity_N должен быть main_entity_id.
- Во всех 4х таблицах должен быть одинаковый ID Primary key.

3. Если исправить ошибки во втором варианте, то корректнее использовать его.