Похоже на поведение вируса, возможно в каком-то нулленом файле есть шелл.
Рекомендую пройтись визуально по всем каталогам, оценить на наличие посторонних файлов, в которых, вероятно вы обнаружите base64
Далее - ai-bolit (постарайтесь найти), пройдитесь скриптом по всему сайту и ручками чистить, не забывая сделать бекап :)
