Если нужно сгруппировать очень большое количество объектов то стоит попробовать создать хеш-функцию для результатов классификатора (такую чтоб она обязательно выдавала одинаковые хешы для объектов предположительно одной группы, но не гарантировала что объекты с одинаковым хешем были в одной группе).
Имея хеш функцию мы уже спокойно можем отсортировать объекты по ее значению даже если все значения хешей не помещаются в оперативную память (можно использовать B-tree например).
А вот уже после сортировки на группы с одинаковыми хешами можно применять более точные алгоритмы чтоб разбить эти группы на искомы подгруппы, так как область поиска будет уже значительно меньше.
