rsync --delete -av --rsh=ssh root@I.P.A.DRESS:/SOURCE_DIR /DESTINATION_DIR
Такая команда скопирует рекурсивно все файлы из директории сервера "SOURCE_DIR" в локальную директорию машины с которой была выполнена команда и удалит из "DESTINATION_DIR" все несуществующие в "SOURCE_DIR" файлы.