можете пойти самым простым путем и на страничке Mediawiki:Common.js прописать:
mw.loader.load('http://path/to/sript/jquery.treewiew.js');
mw.loader.load('http://path/to/sript/jquery.jstree');
таким образом эти плагины будут грузится на всех страницах mediawiki