vaut

Вам необходимо принудительно запустить сборку мусора:
$ git gc --auto
Недостижимые объекты будут удалены.
Подробнее:
https://git-scm.com/book/ru/v2/Git-%D0%B8%D0%B7%D0...

На гитхабе в пулреквест предлагаются не коммиты, а ветка целиком.
Так что приведите в порядок ветку и пулреквест обновится.

Вариант первый:
Просто клонируете репозитарий с гитхаба и работаете потом с ним:
$ git clone
Второй вариант, у вас локально уже есть гит. Вы подключаете удаленный репозитарий
$ git remote add

Как работать с удаленными репозитариями описывать не буду, это есть уже в 1000 или более инструкций.

git log --all

В гите я не особо разбираюсь, но немного знаю баш.
Если это приходится делать постоянно создайте alias.