Идея такая: если у вас есть ссылка на
AppDomain, вы можете вызвать
в нем свой код. Проблема в том, как получить домен удаленного процесса. Нагуглилось только
вот что. Если я правильно вас понял, вам нужно примерно это. Правда, я не уверен, что DoCallback получится вызвать для домена другого процесса. Да и что есть возможность получить домены по ProcessID тоже не факт. Альтернативы: как уже сказали, SendMessage. Может в System.Reflection.Emit что-нибудь найдется.
Вот еще
статья нагуглилась, может интересно будет, а может оно и не совсем в тему. В любом случае, найдете решение - отпишитесь, очень интересно!