Windows при установке на диск где уже есть загрузчик для DOS или win9x создаёт файл bootsect.dos, который прописывает в конфиг ntloader-а boot.ini:
# тут хабр кавычки подменяет, надо обычные двойные, а не ёлочки
C:\BOOTSECT.DOS = «MS-DOS 6.20» /WIN95DOS
Этот файл содержит побитовую копию начальных секторов диска, т.е. ntloader не знает что там лежит, а тупо передаёт ему управление.
Создать такой файл проще всего командой dd, которая делает побитовое копирование,
например вот копирование из загрузочного раздела размером в 512 байт в файл bootsect.lnx на примонтированном в /mnt/c разделе с windows:
# dd of=/dev/sda if=/mnt/c/bootsect.lnx bs=512 count=1
Если загрузчик линукса установлен не в загрузочную запись диска, то копировать его надо оттуда
И осталось дописать его в boot.ini
C:\BOOTSECT.LNX = «Linux»
После этого можно восстановить загрузчик windows в загрузочную запись диска.