А что Вас смущает?
Я не работал с Qt Creator, но полагаю, что он просто в логе показывает, что выполняется git.exe, команда commit, с ключом -F, который задаёт, из какого файла брать коммит-сообщение (временный файл он создаёт после ввода Вами сообщения, наверно. Аналогично делает SourceTree). Ни в какие настройки Qt Git не лезет.
