Вариантов немного:
- сделать правильный stash
- сделать коммит
- удалить мешающие файлы
- сделать копию репозитория и там развернуть другую ветку, чтобы туда-сюда не переключаться
Ну так закоммитьте, в чём проблема?) Значит git stash как-то не так делаете. В идеале git status должен показывать "nothing to commit, working tree clean", иначе переключение на другую ветку потрёт файлы, чего Git пытается избежать.