1. на серверной стороне делаем Api (для всего где вебсокеты не обязательны) + веб сокеты. Я бы вам посоветовал компилируемый язык если игра в планах будет иметь 100к+ (к примеру чудесный язык golang)
2. Phaser заменяем на набор js классов которые работают с вашим API
3. Если нужен "быстрый интерфейс" то юзаем libcanvas + nativeJS (на крайний случай jquery) + учимся использовать опен сорс.
4. Структура папок особо не важна.
А вообще одностраничник за вечер можно сделать. А все анимации делаем с помощью css или libcanvas
