Mark Struchkov

Jackson в помощь. Не вижу тут какой-то проблемы.

Проходишься по папкам парсишь данные из них сначала в Java объекты. Не помню точно как, но можно получить путь до файла и просто добавляешь его в объект. После чего объект превращаешь в JSON.