Мне кажется, проще всего поставить рядом uwsgi через pip, он поставится в /usr/local/.
Настроить его, а потом сделать симлинк на его бинарник из /usr/bin (там же вроде uwsgi из deb). Таким образом все будет работать, как-будто ничего не трогали...
Ну и затем, - тушим старый, зажигаем новый.
Старый убирать можно, только если заранее сделаете свой init.d. (Либо скрипт на upstart).