Странно что никто не предложил вам посмотреть в сторону yeoman генератора.
На данный момент ребята как раз стараются создать эталон организации приложений на ноде и других языках.
В наших приложениях мы используем примерно следующую структуру:
├── Gruntfile.js
├── app.js
├── config
│ ├── config.js
│ └── env
│ ├── all.js
│ ├── development.js
│ ├── production.js
│ └── staging.js
├── package.json
├── src
│ ├── controllers
│ │ └── controller.js
│ ├── lib - общие самописные библиотеки для всего приложения (например описание ошибок, логи и т.п.)
│ │ ├── error.js
│ │ ├── logger.js
│ │ └── routes.js
│ ├── modules - законченные модули
│ └── module.js
│ └── models - модель данных
│ └── model.js
└── templates
│ └── template.html
