Пулы в конечном итоге тоже падали. У меня получилось решить проблему банальным увеличением "max_allowed_packet" и "query_alloc_block_size" до 20 Мб, проблема пропала.
P.S: Забыл что это тяжёлое приложение и что дома у меня дефолтные настройки mysql, грешил на винду, т.к. на убунте всё прекрасно работало.
