1. Бизнес логика содержится в сервисах и вызывается контроллером. В самом контроллере почти не должно быть логики
2. У доктрины есть соответствующий метод flush. Для новых сущностей перед вызовом flush нужно вызвать persist
https://www.doctrine-project.org/projects/doctrine... 
