Через properties.id обратиться к метке не получится. Можно создать глобальный объект (массив) и складывать в него метки.
var objects = {};
Добавляете метку:
objects[address.id] = geoObject;
Потом в нужный момент обращаетесь к метке, например, чтобы сменить цвет:
objects[id].options.set('preset', 'islands#greenCircleDotIcon');
