Равиль

Для себя решаю эту проблему добавлением строчки в конфиг: auto: /\.module\.\w+$/i,.
Это значит, что css-модули будут работать только для тех css-файлов, у которых в названии есть ".module"
Например: app.module.scss

{
            loader: 'css-loader',
            options: {
              modules: {
                exportGlobals: true,
                localIdentName: '[local]--[hash:base64:5]',
                auto: /\.module\.\w+$/i,
              },
            },
          },