Масштабировать растр - плохая идея. Тем не менее, если есть необходимость, то нужно задавать background-position для иконок в процентах. SpriteSmith, судя по беглому осмотру, этого делать не умеет, так что придется форкать или считать проценты самому.
UPD: Менять надо background-position и background-size, естественно. background-size лучше в пикселях менять.
UPD2: Посмотрел еще, можно не париться, result.coordinates модифицировать.
result.coordinates.x = (result.coordinates.x / result.properties.width) * 100;
result.coordinates.y = (result.coordinates.y / result.properties.height) * 100;
Так же и с высотой-шириной спрайта. Плюс проследить, чтобы значения он вставил в %, а не в px