Доступ к смонтированным дискам /media/$USER имеет только пользователь $USER (и root), а libvirt/virt-manager запускают qemu-kvm от имени libvirt-qemu
Решение: в /etc/libvirt/qemu.conf указать
user = "username"
group = "groupname"
После этого virt-manager будет запускать qemu-kvm от имени указанного пользователя, и проблем с доступом не будет.
Алтернативный вариант: монтировать разделы в /mnt/ (через gnome-disks)
Источник:
https://www.linux.org.ru/forum/desktop/15962644/page1