Для бинарных файлов лучше подходит svn. К сожалению она даст не совсем ту функциональность которую вы хотите. Системы контроля версий позволяют хранить историю изменений файлов, но не зависимости между ними. Например:
посмотреть текущее состояние детали или чертежа;
посмотреть кто, когда и зачем вносил изменения в файл;
откатиться на любой момент в истории.
Сдругой стороны, остальная часть требований реализуется с помощью любой базы данных. Например SQLite, Postgress, Mysql... Нужен только удобный интерфейс ввиде сайта или отдельной программы для удобной работы.