trubel

ошибка в том что вы забыли что nodejs асинхронен и nightmare не ждет пока файл сохранится, сразу переходит на другой адрес, а с таким кодом и правда нетрудно сойти с ума :)
на похожей задаче я использовал async/await:

var Nightmare = require('nightmare');
var browser = Nightmare();

async function login() {
	// заходим
}

async function getLinks() {
	var result = [];
	// вытаскиваем ссылки
	await browser
		.goto('url')
		...
		.then(function(data){
			result = data.slice();
		});
	return result
}

async function savePDF(url) {
	// сохраняем
	await browser
		.goto(url)
		.pdf(...);
}

async function run() {
	await login();
	var links = await getLinks();
	for (var i=0; i<links .length: i++) {
		await savePDF(links[i]);
	}
}

await дает сигнал движку чтобы он ждал окончания выполнения и не двигался дальше.
async указывает что функция асинхронная, и только функции с async могут использовать await