Скорее всего у вас файлы с виндовыми (\r\n) переносами, Filezilla в текстовом режиме передачи файлов меняет им окончания на юниксовые (\n). Варианта решения 2: или передавать файлы в бинарном режиме не конвертирую переносы, или настроить в редакторе юниксовые переносы.
