создать разные ветки? одна для вас, другая/другие для клиентов? Название ветки содержит смысл подключаемого модуля. Это самый простой вариант + .gitignore
Более сложный - использовать submodule
p.s.
у вас всего одна ветка master -> это не есть хорошо. Обязательно разделяйте. Можно так:
ветка:
1) dev - разработка, новые фичи, фикс багов, новая версия продукта
2) master или release1-> главная рабочая ветка на продакшене
3) IQSMS + release1/dev
4) YandexTelephony + release1/dev
