С энтерпрайз решениями акрониса не работал. А вот Veeam - по мне, лучшее бэкапное решение, существующее на данный момент (работал с Symantek, сейчас у коллег ComVault - вроде все умеет, но сложноват). С 9.5 бэкапит и физику, все нативно просто, но возможности при этом колосссальные. На лету восстанавливает все подряд на уровне приложений. Для сиквелов реализовано гранулярное восстановление даже для физ. серверов. ИМХО - VEEAM рулит.)
PS Контроллер домена восстанавливал только из копии сделанной родным win backup - особых проблем не было, счетчик рид перевел на позднее значение, да если нужно FSMO роли забрал - будет работать, особых сложностей с этим нет.