Не совсем понятно:
1. Что значит "сервер"? То, что на нем установлен Win2012?
2. И чуть-чуть подробней про "сканер через RDP", пожалуйста. Чтобы он цеплялся с локального компьютера, когда Вы заходите по RDP?
1с вроде файлы свои по сети гоняет, поэтому лучше подключаться из вне по rdp и работать с 1с фактически за роутером (внутри). Ну и как сказали выше: переброс на 3389 порт с (любого, начиная с 5000 и до ...)
