После того, как в одном запросе будут получены все коментарии из базы, относящиеся к посту, составлять древовидный php-массив. Параллельно вести линейный массив, ключи которого — id коммента, а значения — ссылки на элементы дерева. Такой список-«справочник» нужен для того, чтоб просто добавлять вложенные комменты указывая только id родителя и не искать по всему дереву, куда поставить новый коммент.
