Maxim Timokhin

Попробуйте возобновлять операции
В AppDelegate.m

Для приостановки операций

- (void)applicationDidEnterBackground:(UIApplication *)application

Для возобновления операций

- (void)applicationWillEnterForeground:(UIApplication *)application

developer.apple.com/library/ios/documentation/iphone/conceptual/iphoneosprogrammingguide/ManagingYourApplicationsFlow/ManagingYourApplicationsFlow.html

Сам не пробовал, но, судя по документации, эти методы будут работать только в случае:

-(BOOL)shouldAutorotate{
    return YES;
}

Если до 100 пользователей, то можно. Ad Hoc назвается.

Настольное: Axure
Онлайн: uxpin.com

Если есть лояльная аудитория, сидящая на старых девайсах, то разумным будет обеспечить совместимость, даже если придется сториборды дублировать. Для новых проектов — зависит от специфики проекта, вопрос индивидуальный.