Попробуйте в директории etc выполнить поиск по домену, таким образом вероятно вы найдёте директивы веб-сервера, указывающие на привязку директории к домену:
grep -rni 'site.com' /etc
Обычно директории с сайтам размещаются в подкаталогах директории /var/
Можно выполнить поиск индексного скрипта в ней
find /var -name 'index.php'
или
find /var -name 'index.html'
Для проверки, что мы нашли именно нужную директорию можно закинуть тестовый скрипт phpinfo в найденный каталог и попробовать обратиться к домену.
Также убедитесь, что а-запись домена указывает именно на ip вашего сервера. Если нет, то можно добавить запись соответствия ip и домена в файл hosts на локальной системе
