throughtheether

Не вполне ясен смысл этой строчки

route add -net 192.168.99.0 gw 192.168.99.19 netmask 255.255.255.0

У вас уже сеть 192.168.99.0/24 завешана на интерфейсе bond0 и доступна через него:

192.168.99.0 * 255.255.255.0 U 0 0 0 bond0

Я чего-то не понимаю и это какой-то линукс-костыль? Какова функция этой строки?

И второй момент. При повторном наблюдении проблемы попробуйте вместо тушения/поднятия интерфейса запустить пинг до 192.168.99.19 c СХД. Есть подозрение на флуктуации ARP-таблицы на маршрутизаторе.