В общем прихожу к выводу, что имеет смысл завести, как линуксоиды, отельный раздел а-ля home, сделать на него симлинк профиля пользователя и уже этот раздел шифровать BitLocker'ом, т.к. повторюсь, это глупо тратить процессорное время на шифрование/дешифрование исполняемых файлов и библиотек.