Здравствуйте. Без кода в fiddle или где-то еще сложно точно сказать. Но мне кажется, что нужно добавить attrTween для того чтобы перерисовать arcs.
Вот
пример на stackoverflow, который как мне показалось достаточно близок в Вашей проблеме.
this.path.data(pie(dataArr))
.attr('fill', (d, i) => {
return color(d.data.label)
})
.attrTween("d", arcTween);
// Store the displayed angles in _current.
// Then, interpolate from _current to the new angles.
// During the transition, _current is updated in-place by d3.interpolate.
function arcTween(a) {
var i = d3.interpolate(this._current, a);
this._current = i(0);
return function(t) {
return arc(i(t));
};
}