Алгоритм сортировки нестабилен в хроме, то есть порядок для одинаковых значений не определен. Самый простой вариант — дополнительная сортировка по городу, если значения по счетчику совпадает.
function sCount(i, ii) {
var delta = i[1] - ii[1];
return delta == 0 ? sCity(i, ii) : delta;
}