Скорее всего пути к файлам сохраняются в каких-то полях, каких-то таблиц, какой-то базы данных. Настройки кодировки СУБД тоже не помешало бы сменить.
з.ы.: После внесения изменений не нужно ждать чуда для уже имеющихся путей к файлам, только для новых добавляемых...