просто резолвиться будут сервера cloudflare и при переходам из браузеров в зависимоти от Host будет идти направление на нужный сайт.
для VPS будет видно то, что к ней обращаются только айпишники самого CF, так как посетители напрямую до сервера доходить не будут (если переходы напрямую по IP вдс не считать).
никакой SSH и прочие сервисы через домен работать также не будут, ибо всё будет упираться в cloudflare.
ну и бонусом, реальный адрес сервера будет скрыт. разве что только если до этого проксирование было отключено, этот самый адрес найти не составит труда через историю whois. поэтому если боитесь ddos напрямую, прокси врубать надо было изначально
