Первый ответ в этом сервисе, утверждать не могу, но когда вы ставите border 1px к примеру, этот 1 пиксель делается не в нутрь, а снаружи дива, тем самым нарушая ширину. Из за этого и съезжает всё.
Просто внутри например span6 создайте div и ему уже назначите border. Надеюсь ответил.
